La Universidad de Oñate (en euskera: Oñatiko Unibertsitatea; en latín: Universitas Onnacensis), oficialmente Universidad del Espíritu Santo (en latín: Universitas Sancti Spiritus),[1] fue una universidad española fundada en 1540 por bula de Paulo III. En la universidad llegó a contar con facultades de Leyes, Cánones, Artes, Medicina y Teología, hasta su clausura en 1842.
La universidad sufrió numerosos altibajos debido a motivos económicos y a la tensión entre carlistas y liberales. Fue reabierta durante la Tercera Guerra Carlista bajo el nombre Real y Pontificia Universidad Vasco-Navarra y de nuevo entre 1895 y 1901, cuando fue definitivamente clausurada por falta de medios económicos.
Fue la primera y única universidad del País Vasco hasta la aparición de la Universidad de Deusto en 1886. En la actualidad, el edificio de la universidad alberga el Instituto Vasco de Administraciones Públicas y el Instituto Internacional de Sociología Jurídica de Oñati. Es Bien de Interés Cultural.
Se ha descubierto que en los años 1806-1807 se matriculó en ella Mª Antonia de Cortázar, la primera mujer española en matricularse en una Universidad.[2]