El Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (MHN-UNMSM), también llamado Museo de Historia Natural de Lima o Museo de Historia Natural «Javier Prado», es un museo de historia natural ubicado en el distrito de Jesús María, en Lima, Perú, el principal y más antiguo de su tipo en el país. El museo está encargado de recolectar, investigar y exponer organismos y muestras representativas del patrimonio natural del Perú y de la humanidad en lo concerniente a flora, fauna y geología. Como tal, es el primer museo en mostrar colecciones de zoología, botánica, ecología y geociencias del país.
Fue creado el 28 de febrero de 1918 en sesión extraordinaria de la facultad de ciencias de la Universidad de San Marcos, siendo entonces rector Javier Prado y decano de la facultad Enrique Guzmán y Valle. Inicialmente, desde 1918 hasta 1934 se ubicó en el segundo piso de la facultad de letras en la Casona de San Marcos, allí llegó a recibir la valiosa colección del investigador italiano Antonio Raimondi. En 1934 todas las colecciones se trasladan al local en Jesús María, donde se ubica hasta la actualidad como una dependencia del rectorado de la Universidad de San Marcos.
Cuenta con varias salas de exposición, así como un auditorio; brinda además servicios de asesoría, determinación de especies y diagnóstico sobre temas relacionados al ámbito natural, al mismo tiempo busca promover la protección y conservación natural del Perú por medio de sus exposiciones regulares y especiales como el Museo de Noche y el Día de las Colecciones científicas abiertas al público. Tiene también una biblioteca especializada y realiza publicaciones especializadas de manera continua.
El Museo de Historia Natural cuenta además con una filial en la región de Arequipa denominada Museo Paleontológico de Sacaco, el cual resguarda diversos restos fósiles de la zona paleontológica de Sacaco, reconocida por el Ministerio de Cultura del Perú como Patrimonio Cultural de la Nación.