El asedio de la fortaleza de Fuenterrabía tuvo lugar cuando el ejército franco-navarro la había tomado en una nueva incursión, tras el fracaso del tercer intento de reconquistar el Reino de Navarra, que había sido invadido en 1512 por tropas de las unificadas coronas de Castilla y Aragón.
La Fuenterrabía del siglo XVI abarcaba también la mayor parte del término municipal de la actual ciudad de Irún, el municipio de Lezo, y partes de Hendaya, Urruña ( barrio de Béhobie) y Pasajes (distrito de Pasajes de San Juan). La villa y fortaleza estaban situadas en un alto rodeadas de murallas, monte y mar en la desembocadura del río Bidasoa.
Su situación fronteriza y sus características orográficas hicieron que tanto Carlos I el Emperador como el monarca francés Francisco I ambicionasen su posesión. Por ello, ambas Coronas designaron comisarios para dilucidar los problemas de límites de las aguas en los conflictos de las villas de Fuenterrabía y Hendaya, algo que hasta entonces se había solucionado por concertación, convenio o facería.
En 1512, se realizó la primera contraofensiva para recuperar el reino de Navarra tras su invasión por las Coronas de Castilla y Aragón, en la que el mariscal Pedro de Navarra con 2000 hombres dentro del contingente de Lautrec y Borbón fueron frenados por Luis I de la Cueva, II Señor de Solera. Para impedir otra invasión, se procedió a la fortificación, ordenándose en noviembre de ese año la construcción de un castillo en Behovia, que reforzaba la eficacia del fuerte de Fuenterrabía.
A partir de 1517 se definieron por ley los derechos territoriales de la zona por parte de los dos reinos, el de España y el de Francia, quedando los naturales divididos.
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