El puerto de San Sebastián se encuentra situado dentro del término municipal de San Sebastián, formando parte de la bahía de la Concha, al sur de Urgull. Se inició su construcción moderna en la segunda mitad del s. XV d. C.
A lo largo del siglo XVIII d. C. se sucedieron varios proyectos de mejora del puerto impulsados por el Consulado de San Sebastián, que además de nuevas dársenas llegaron a plantear el cierre de la boca occidental de la bahía, idea ya propuesta por la villa en el siglo XVII. Ninguno de ellos llegó a ejecutarse.
En el siglo XIX el arquitecto Silvestre Pérez (1821) inició las obras para el cierre de la boca occidental de la bahía. A mediados el siglo XIX d. C., el puerto donostiarra duplicó su capacidad gracias a la construcción de una nueva dársena (1851-1858); estaba la nueva dársena dotada de unas compuertas -años más tarde suprimidas- que permitían el mantenimiento del nivel de agua durante la bajamar. Posteriormente se suprimió el viejo Kaierdi y, más tarde, la denominada Eskalleta o sector escalonado que llama la atención en las viejas fotografías frente al denominado Barrio de la Jarana.
A lo largo del siglo XX se realizaron varias ligeras modificaciones. Entre ellas destaca el recorte de Kaimingancho (1943), colocando sobre el tramo que del mismo restaba una plataforma de hormigón afianzada mediante pilotes con objeto de formar una explanada sobre la que se construyó un tinglado ("portaaviones"). La última, que data de la década de 1980, consistió en un nuevo ligero recorte de Kaiburu.
Actualmente el puerto de San Sebastián dispone de dos dársenas: una pesquera y otra deportiva. La dársena deportiva tiene escasa capacidad, viéndose la flota deportiva obligada a fondear en la bahía de la Concha durante el verano. Es ésta la dársena proyectada por Peironcely a mediados del siglo XIX y la que durante más de cien años acogió tráfico comercial (madera y cemento en los últimos tiempos), dejando de funcionar como tal en los años setenta.
Gestionada durante años por el Centro de Atracción y Turismo, en la década de 1990 la misma fue traspasada a una Sociedad Anónima denominada Puerto Deportivo de Donostia-San Sebastián, en la que participan a partes iguales el Gobierno Vasco y el Ayuntamiento de San Sebastián.
La posibilidad de ampliación del puerto deportivo es prácticamente nula, razón por la que fue redactado en la década de 1990 un anteproyecto para la construcción de un nuevo puerto deportivo entre la punta de Monpás y la Playa de la Zurriola, que no llegó a ejecutarse.