La bahía de La Habana es considerada como una de las bahías más seguras del Caribe y de América. Tiene forma de bolsa, con un canal de entrada estrecho y profundo. Posee una ubicación estratégica tanto geográfica como económica debido a su confluencia con el Estrecho de la Florida, el Golfo de México y el canal viejo de Bahamas. La bahía de La Habana tiene 5,2 kilómetros cuadrados, un perímetro de 18 kilómetros y un volumen de agua de 47 millones de metros cúbicos y una profundidad de nueve metros. Es navegable solo en 120 metros; tiene el 87 por ciento del territorio ocupado, y el 63 por ciento de sector productivo cuenta con 71 atraques y 50 muelles. Por otra parte, desde hace más de 30 años el calado de los buques oscila entre los nueve y los 11 metros.
En la bahía se asienta el Puerto de La Habana, el cual es el principal puerto de Cuba.
La bahía es considerada una de las más contaminadas del mundo, debido a que a ella van a parar gran cantidad de desechos de la ciudad. En la actualidad se llevan a cabo varios proyectos de recuperación ambiental para la bahía de La Habana, que incluyen recogida de desechos sólidos, dragado, la construcción de una planta de tratamiento de residuales en el río Luyanó y el uso de bacterias especializadas en la descomposición del petróleo, uno de los más importantes contaminantes.
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